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近日，中国科学院上海光学精密机械研究所高功率激光单元技术实验室研究员胡丽丽团队在分子动力学模拟光致热折变玻璃结构/性质方面取得进展。相关研究成果发表在《国际陶瓷》（Ceramics International）上。
上海光机所在分子动力学模拟光致热折变玻璃结构/性质方面取得进展（图）
分子动力学 玻璃结构
2023/11/29
2023年9月7日，中国科学院上海光学精密机械研究所高功率激光单元技术实验室胡丽丽研究员团队在分子动力学模拟光致热折变玻璃结构/性质方面取得进展，相关研究成果以“Development of bromine-related potentials for molecular dynamics simulations of the oxyhalide photo-thermo-refractive g...
阿尔茨海默病（老年痴呆）是严重的智力致残性疾病，也是十大死因中唯一无法治愈或预防的疾病；患者平均生存期为5.5年。由42个氨基酸构成的β-淀粉样蛋白（Aβ42）脑内沉积是阿尔茨海默病的病理标志。Aβ42在脑内聚集引起细胞坏死和凋亡，损伤脑组织。
2022年9月29日上午，科研处与基础医学院联合邀请王秀秀博士通过线上形式为广大师生作题为“分子动力学模拟及其在生物科学中的应用”的学术讲座。报告会由基础医学院副院长余方流主持。
微液滴在不同能量表面上润湿状态的分子动力学模拟
微液滴 润湿状态 分子动力学
2023/3/1
The wetting characteristic of micro-droplets on surfaces with different free energies is crucial to heterogeneous nucleation theory and the growth mechanism of micro-droplets during vapor condensation...
本研究采用紫外-可见吸收光谱、傅里叶变换红外光谱 (FTIR)、荧光光谱和圆二色性 (CD) 分析研究一系列芝麻酚-肌球蛋白溶液，以获取有关复合物形成、猝灭机制和蛋白质构象变化。此外，通过分子对接和分子动力学模拟，获得了芝麻酚和肌球蛋白的结合模型，并阐明了两者间的相互作用以及蛋白质功能特性的改进。芝麻酚通过静态淬灭与肌球蛋白形成稳定的复合物，导致肌球蛋白构象和微环境发生改变。芝麻酚以最低的结合亲和...
高温下钙蒙脱石膨胀特性的分子动力学模拟
分子动力学模拟 膨胀压力 钙蒙脱石 离子关联效应
2022/3/11
高温下蒙脱石的膨胀特性在核废料深部封存、二氧化碳封存及页岩气开发等应用中有着重要影响，但相关机理尚不明确。本工作使用分子动力学模拟为技术手段计算5MPa和298—500K等条件下，1.40—4.00nm晶面间距(d)的一系列饱和钙蒙脱石的膨胀压力。以模拟所得的数值结果为依据，基于水化效应、双电层效应和离子关联效应等模型推演膨胀压力随温度与d的变化规律，并与相应的实验数据进行对比.模拟结果表明，当d...
碳化硅中点缺陷对热传导性能影响的分子动力学研究
碳化硅 热导率 分子动力学 点缺陷
2022/3/17
碳化硅（SiC）由于性能优异，已广泛应用于核技术领域。在辐照环境下，载能入射粒子可使材料中的原子偏离晶体格点位置，进而产生过饱和的空位、间隙原子、错位原子等点缺陷，这些缺陷将改变材料的热物性能，劣化材料的服役性能。因此，本文利用平衡分子动力学方法（Green-Kubo方法）采用Tersoff型势函数研究了点缺陷对立方碳化硅（β-SiC或3C-SiC）热传导性能的影响规律。研究过程中考虑的点缺陷包括...
碳纳米管和碳化硅纳米管热导率的分子动力学研究
反向非平衡分子动力学 热传导 碳纳米管 碳化硅纳米管
2022/3/17
采用Tersoff势测试和研究了反向非平衡分子动力学中的Müller-Plathe法和Jund法在一维纳米管热传导中的应用。在相同的模拟步数中，Müller-Plathe法可以得到很好的结果，热导率在交换频率大于50时对参数的选择并不敏感。然而，Jund法并不能得到良好的线性温度梯度，其热导率在一定程度上依赖于选择的热流大小。在此基础上，运用Müller-Plathe法进一步研究了碳纳米管和碳化硅...
钨中自间隙原子团簇扩散行为的分子动力学模拟
聚变堆材料 钨 自间隙原子 分子动力学模拟
2021/2/26
钨被视为未来聚变堆中最有可能全面使用的面对等离子体材料。而在未来聚变堆真实环境下，氘氚聚变反应产生的14 MeV高能中子辐照将在材料中产生严重的原子离位损伤和各种缺陷积累。其中自间隙原子（SIA）及其团簇是中子辐照损伤中最常见的缺陷种类。本文采用分子动力学模拟系统研究钨中1/2〈111〉和〈100〉 SIA团簇的稳定结构和形成能，发现SIA团簇最稳定结构是1/2〈111〉 SIA团簇结构，SIA团...
哑铃型氧间隙缺陷在UO2材料内扩散的分子动力学研究
分子动力学 间隙原子 扩散
2021/1/7
以UO2材料为对象，采用分子动力学方法模拟计算了哑铃型氧间隙缺陷的扩散行为，研究了几种温度条件下拉伸应变方向和拉伸应变对哑铃型氧间隙缺陷扩散行为的影响。研究发现，哑铃型氧间隙缺陷在UO2材料内存在扩散现象且为三维扩散，扩散能力与材料温度和拉伸应变有关。利用模拟结果计算了哑铃型氧间隙缺陷的扩散系数，结果表明：哑铃型氧间隙缺陷在扩散过程中始终沿〈111〉方向排布；材料体系温度越高扩散现象越明显；拉伸应...
DNA与B-PDEAEA自组装过程的分子动力学模拟
DNA 自组装 分子动力学模拟
2019/4/18
通过分子动力学模拟，研究DNA/B-PDEAEA纳米颗粒的自组装过程。模拟结果表明，在自组装过程中静电相互作用是主要驱动力；在相同氮磷比的条件下，随着DNA碱基对数目的增加，更易于形成稳定的纳米颗粒。在相同碱基对数目的条件下，随着氮磷比的增加，更趋向于形成稳定的纳米颗粒。
中国科学技术大学计算物理课件第六章 分子动力学方法。
近日，北京大学深圳研究生院化学生物学与生物技术学院韩伟课题组与李子刚课题组合作共同在《美国化学学会纳米》科学杂志（ACS Nano，IF：13.7）上在线发表题为“Conformation Dependence of Diphenylalanine Self-Assembly Structures and Dynamics：Insights from Hybrid-Resolution Simul...