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中国科学院昆明分院不同参考基因组对RAD-seq分析中SNP Calling的影响(图)
基因 分析 群体进化
2024/5/26
随着新一代测序技术兴起,基于酶切的简化基因组测序(Restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)由于不受参考基因组的限制,成为快速获取生物高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的主流手段,被广泛运用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化分析等研究中。尽管在RAD-seq分析中对S...
随着新一代测序技术兴起,基于酶切的简化基因组测序(Restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)由于不受参考基因组的限制,成为快速获取生物高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的主流手段,被广泛运用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化分析等研究中。尽管在RAD-seq分析中对S...
本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,比较分析两个群体的遗传差异。结果,经过两步数据质控,在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个,两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8,群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6...
RAD-seq技术在基因组研究中的现状及展望
RAD-seq 基因组 遗传图谱 SNP 双酶系统的RAD(ddRAD)测序
2014/2/5
Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技术是在二代测序基础上发展起来的一项基于全基因组酶切位点的简化基因组测序技术。该方法技术流程简单, 不受有无参考基因组的限制, 可大大简化基因组的复杂性, 减少实验费用, 通过一次测序就可以获得数以万计的多态性标记。目前, RAD-seq技术已成功应用于超高密度遗传图谱的构建、重要性状的精细定位、...