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2023年11月27日，中国农业大学植物保护学院朱旺升研究团队在国际知名期刊《植物生物技术杂志》（Plant Biotechnology Journal）在线发表了题为《双重亚细胞定位的β-葡萄糖苷酶赋予玉米病虫害抗性和生长平衡》（A dual-subcellular localized β-glucosidase confers pathogen and insect resistance wi...
Briefings in Bioinformatics丨杨力团队开发RNAlight工具用于多类型RNA的亚细胞定位预测研究（图）
杨力团队 RNA亚细胞 生物医学研究院 核苷酸序列
2023/4/14
RNA亚细胞定位与其生成、加工和功能密切相关（1,2），因此，解析RNA的亚细胞定位对其功能研究至关重要。利用传统的实验生物学方法，如FISH和细胞组分分离后鉴定等可以有效的发现目的RNA的亚细胞定位，但是其通量较低、且不同实验方法的特异性也会导致某些RNA无法被准确定位。近期，结合亚细胞RNA组分分离和后续高通量测序分析，大量的RNA亚细胞定位信息被报道，利用这些数据并结合机器学习和深度学习的方...
浙江大学生命科学研究院赵斌实验室于2021年5月14日在eLife上在线发表了题为《A subcellular map of the human kinome》的论文，首次在蛋白激酶组水平上描绘了他们的亚细胞定位信息。
猪类无精症缺失基因DAZL的cDNA全长克隆、组织表达和亚细胞定位
版纳微型猪近交系 类无精症缺失基因(DAZL) 基因克隆 cDNA末端快速克隆(RACE) 组织表达 亚细胞定位
2021/3/30
旨在获得猪类无精症缺失基因DAZL cDNA全长序列，阐明该基因的序列、mRNA组织表达模式、蛋白质结构特征及亚细胞定位情况。本研究以版纳微型猪近交系（Banna mini-pig inbred line，BMI）10月龄成年公猪为研究对象，屠宰收集组织样，利用RACE和RT-PCR技术获得DAZL基因cDNA全长序列；使用实时荧光定量PCR （qPCR）技术检测其mRNA多组织表达谱；在线分析蛋...
为明确羊口疮病毒ORFV129锚蛋白在细胞中的定位，参照GenBank中收录的ORFV SY 17全基因组（登录号：MG 712417.1）序列设计引物，扩增ORFV129基因完整编码框并测序鉴定，利用生物信息学软件分析该基因编码蛋白的氨基酸序列、蛋白跨膜区域，预测其亚细胞定位；并将ORFV129完整基因连接到真核表达载体pEGFP-N1，经双酶切鉴定及测序鉴定是否成功构建重组表达质粒pEGFP-...
植物的丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinases, MAPKs)级联是生长进程中多种信号跨膜传递的共同通路, 它可以将外源刺激转入细胞内并引发细胞应答。目前C族MAPKs在甘蓝型油菜中的研究报道还很有限。本研究通过1个甘蓝型油菜的C族BnMAPK1基因的生物学进程聚类分析发现, BnMAPK1可能参与蛋白磷酸化、生长素介导的信号途径、逆境应答、细胞周期及...
利用同源克隆和 cDNA 末端快速扩增（RACE）技术从三倍体枇杷‘Q27’中分离得到 1 个调控花期的 SQUMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN LIKE（SPL）转录因子家族基因 EjSPL5。该基因 cDNA 序列全长为 778 bp，其中 5′非翻译区（UTR）序列为 24 bp，3′UTR 序列为 214 bp，包含 1 个长为 549 bp 的开放阅读框（ORF...
蚕豆中三叶草黄脉病毒编码的NIa-Pro蛋白亚细胞定位特征初步研究
蚕豆 三叶草黄脉病毒 核内涵体a蛋白酶 亚细胞定位
2020/2/10
三叶草黄脉病毒（Clover yellow vein virus，ClYVV）是马铃薯Y病毒属（Potyvirus）的重要成员。核内涵体a蛋白酶（Nuclear Inclusion a Protease，NIa-Pro）是一种由Potyvirus病毒编码的具有蛋白水解酶活性的蛋白，在病毒与寄主互作过程中参与多聚蛋白切割等多种功能的行使。选择2018年在江苏发现的ClYVV蚕豆分离物作为研究对象，对...
为明确草莓FaWRKY31的序列特征、表达特性和亚细胞定位情况，通过同源克隆的方法从八倍体草莓‘红颜’中得到3条长度为1 644 bp、1条长度为1 669 bp的cDNA序列和两条长度约为2 000 bp的启动子序列。生物信息学分析表明：长度为1 669 bp的FaWRKY31-like因插入了一段25 bp的短序列导致开放阅读框提前终止，缺失了WRKY结构域和C2H2锌指结构。启动子的序列分析...
木尔坦棉花曲叶病毒编码蛋白的亚细胞定位分析
木尔坦棉花曲叶病毒 亚细胞定位 病毒蛋白
2020/5/8
木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl Multan virus,CLCuMV)是典型的单组分双生病毒,并伴随β卫星分子,是棉花曲叶病的主要病原之一。本研究利用农杆菌介导的瞬时表达系统,将CLCuMV及其卫星分子编码的7个病毒蛋白在本氏烟表皮细胞中表达。通过激光共聚焦显微镜观察发现:V1、C2和C3定位于细胞核;C1和βC1定位在细胞核以及细胞质或细胞膜上,并且在细胞质中形成丝状结构...
芥蓝BaCSLD的克隆、亚细胞定位及表达分析
芥蓝 类纤维素合成酶 基因 表达
2020/4/8
为获知芥蓝中类纤维素合成酶基因的序列特征和表达特性,利用RT-PCR技术从芥蓝中扩增获得1个类纤维素合成酶基因全长cDNA序列,命名为BaCSLD (GenBank 登录号:MH491418),对该基因的序列特征、亚细胞定位、组织特异性表达情况进行分析,并通过最大似然法构建系统进化树。结果表明,BaCSLD cDNA序列包含一个2 796 bp的最大开放阅读框,编码931个氨基酸,且BaCSLD属...
侵染朱槿的木尔坦棉花曲叶病毒V2蛋白的亚细胞定位特征分析
朱槿 木尔坦棉花曲叶病毒 V2蛋白 亚细胞定位
2019/1/8
木尔坦棉花曲叶病毒（Cotton leaf curl Multan virus，CLCuMuV）2006年在中国首次报道，并呈逐年扩散蔓延，给园艺和经济作物造成了严重损失。选择2012年采自江苏南京的CLCuMuV朱槿（Hibiscus rosa-sinensis）分离物作为研究对象，对其V2蛋白基因进行了扩增及克隆，并构建了V2-YFP融合表达载体，利用农杆菌浸润法接种本氏烟（Nicotiana...
文心兰RFNR的克隆、亚细胞定位及其与LFNR不同的胁迫响应机制研究
文心兰 铁氧还蛋白氧化还原酶 胁迫 亚细胞定位 基因表达
2018/12/24
以‘小樱桃’文心兰为材料克隆了铁氧还蛋白氧化还原酶（FNR）两种类型基因RFNR（Root-type Ferredoxin-NADP+ oxidoreductase）和LFNR（Leaf-type Ferredoxin-NADP+ oxidoreductase）。生物信息学分析表明，RFNR与LFNR都属于FNR-like超家族，具有黄素腺嘌呤二核苷酸（flavin adenine dinucle...
为挖掘花生抗逆相关基因,本研究以花生品种花育20号为试验材料,根据cDNA文库中已知的促丝裂原活化蛋白激酶激酶(MKK)基因EST序列设计引物,通过RACE-PCR克隆得到AhMKK4基因。结果表明,AhMKK4基因序列全长1 434 bp,含有3'非编码区151 bp,5'非编码区317 bp,开放阅读框全长966 bp,编码一条含有322个氨基酸的蛋白序列。预测其分子量为36.74 kDa,属...