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运用生物信息学方法筛选及鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)相关的潜在靶基因及信号通路。方法在GEO网站搜索基因芯片GSE40435、GSE53757、GSE46699和GSE16441的数据集，用GEO2R识别ccRCC和正常肾组织之间的差异表达基因，并对4组数据的共同差异表达基因进行聚类分析。
寻找三阴性乳腺癌（TNBC）研究与治疗的可能靶点，并采用生物信息学对影响TNBC预后的基因进行分析预测。检索The National Center for Biotechnology Information（NCBI）数据库，分析不同组间差异基因后提交至Enrichr网站进行通路富集，最后进行TNBC患者的生存分析。
白桦AP2/ERF家族基因的生物信息学分析
AP2/ERF 家族 生物信息学 转录因子 白桦
2021/7/13
从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存在差异;白桦AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位点,但含有磷酸化位点的数量和种类上都有差异;白桦AP2/ERF蛋白大都定位在细胞核里,它们主要在...
探讨BIRC5在肾透明细胞癌肿瘤组织中的表达水平及其与临床预后之间的关系。方法首先使用Oncomine以及癌症基因组图谱数据库预测BIRC5 mRNA在肾透明细胞癌中的表达情况，并探索其表达量与生存的关系。采用生存分析和比例风险回归模型评估BIRC5表达与肾透明细胞癌患者预后的相关性，并通过基因集变异分析以及基因集富集分析探讨BIRC5所富集的相关通路。此外，探究了BIRC5在肾透明细胞癌中共表达...
研究肿瘤基因图谱（the cancer genome atlas，TCGA）数据库中microRNA-301b（miR-301b）在478 例卵巢癌患者中的表达量与卵巢癌患者生存状况的关系。方法 对TCGA 数据库中478 例卵巢癌患者的miR-301b 表达量与生存状况进行分析，预测其靶基因及生物学活性。
基于GEO芯片数据的肝癌关键生物标志物的筛选与鉴定及生物信息学分析
肝癌 差异表达基因 生物信息学分析
2021/3/22
基于生物信息学分析方法，获取与正常肝组织具有表达差异、且与肝癌患者生存、病理参数密切相关的肝癌基因。方法 通过GEO 数据库获取三组肝癌芯片表达谱，利用GEO2R 鉴定肝癌组织与正常肝组织具有表达差异的基因；应用DAVID 数据库，富集差异表达基因；使用STRING 数据库及Scytoscape 软件，构建核心差异基因的蛋白质互作网络（protein-protein interaction，PPI...
牦牛lncFAM200B的克隆鉴定、表达及生物信息学分析
牦牛 lncFAM200B 克隆 组织表达 肌肉发育
2021/4/2
旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B，为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础。以臀肌cDNA为模板，设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列，用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测，进一步通过原核表达试验鉴定其编码能力；采用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）对lncFAM200B进行组织表达分析，通过TargetScan 7.1和miRanda预测与ln...
应用生物信息学方法，分析食管鳞状细胞癌miRNA表达谱，筛选差异miRNA并预测其靶基因，分析其生物学功能。方法：下载GEO数据库食管鳞状细胞癌miRNA表达谱芯片数据GSE114110 ，应用GEO2R软件对数据进行处理分析，筛选差异表达miRNA；应用GEO数据库食管鳞状细胞癌miRNA表达谱芯片数据GSE97049，GSE59973，GSE55856，GSE43732对所筛选出的差异表达mi...
多毛番茄CIPK基因家族生物信息学分析及低温下功能研究
多毛番茄 CIPK 生物信息学 低温
2021/3/1
CIPK 基因家族是Ca2+ 介导的植物信号转导途径中的一个关键家族，在植物胁迫响应和生长中起着关键作用。本试验基于多毛番茄全基因组数据筛选出24 个多毛番茄CIPK 基因家族成员，系统进化分析将家族成员分为5 个亚组，家族成员内部含有5 个基因复制对。亚细胞定位分析表明，多毛番茄CIPK 基因大多定位于细胞质；少数分布于质膜、细胞核、线粒体。共线性分析结果表明，拟南芥和栽培番茄中的CIPK 基因...
miR-486-5p的靶基因预测及其在胰腺腺癌中作用的生物信息学分析
胰腺肿瘤 miR-486-5p 基因 预后 计算生物学
2021/3/31
胰腺癌是癌症相关性死亡的终点之一，是消化系统恶性程度最高的肿瘤，其主要的病理类型为胰腺腺癌（PAAD），预后较差。miR-486-5p在不同癌症中起重要作用，但尚缺乏miR-486-5p在PAAD中的研究报告。本研究通过生物信息学方法探寻miR-486-5p的靶基因并分析靶基因在PAAD中的表达及意义。方法：使用PROGmiRV2数据库分析的miR-486-5p与PAAD预后的相关性综合运用多个数...
甜瓜热激转录因子（Hsf）基因家族鉴定及生物信息学分析
甜瓜 Hsf 基因家族 系统发育 生物信息学
2021/3/3
热激转录因子（heat shock transcription factor，Hsf）是植物胁迫抗性调控中的一类重要因子，在植物胁迫应答和生长发育调控中起着关键作用。本试验基于甜瓜（Cucumis melo L.）基因组数据，利用生物信息学手段对CmHsf 家族进行鉴定，并对其基因结构、位置信息、系统发育、共线性关系及启动子等进行了分析。结果表明：在甜瓜基因组数据中共鉴定到22个CmHsf 基因家...
基于生物信息学分析肝细胞癌的核心基因
肝癌 核心基因 生物信息学分析
2021/2/25
采用生物信息学方法筛选在肝细胞癌中的异常表达基因，并分析其在肝癌中的临床意义及其可能的机制。方法 通过 GEO 数据库获取 GSE101728 基因芯片数据集，筛选差异基因；通过 STRING 和 Cytoscape 筛选出核心基因；利用 GEPIA 验证核心基因在肝癌组织中的表达及其临床意义，进一步利用 DAVID 进行 GO 分析及 KEGG 通路分析；通过 STRING 构建核心基因的 PP...
【目的】苯丙氨酸解氨酶是苯丙烷类代谢的关键酶，对调节植物生长和抗逆有重要作用。从全基因组层次了解棉花苯丙氨酸解氨酶基因家族的进化和功能，可为相关研究提供数据支撑。【方法】利用HMMER和BLASTP从棉花基因组筛选苯丙氨酸解氨酶基因家族，利用MEGA-X进行进化分析，利用MCScanX进行共线性分析，并利用NCBI SRA的数据进行表达分析。【结果】本研究分别从陆地棉、海岛棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉基...
本文采用RT-PCR技术克隆获得了拟果蝇Drosophila simulans电压门控钠离子通道基因序列，明确其典型特征，分析了进化关系，为拟果蝇抗性分子机理研究奠定基础。克隆得到拟果蝇钠离子通道开放阅读框（GenBank登录号为MT113357），长为6270 bp，编码2090个氨基酸。通过生物信息学分析，发现拟果蝇与黑腹果蝇Drosophila melanogaster钠离子通道基因相似度高...
尿苷二磷酸-葡萄糖6-脱氢酶（UGDH）是一种将UDP-葡萄糖转化为UDP-葡萄糖醛酸的代谢酶，通过参与糖胺注射在肿瘤组织中的生物综合研究表明UGDH基因参与多种癌症的发生与发展，然而，目前尚无溃疡癌中关于UGDH基因的研究，因此本研究应用生物信息学方法研究UGDH在胰腺癌中的表达及其意义。方法：基于Oncomine数据库分析4个数据集中的鳞癌组织中UGDH基因的差异表达；对TCGA中鳞癌基因表达...