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前沿丨南京农业大学人工智能学院计智伟课题组提出单细胞RNA-seq聚类新方法（图）
单细胞 RNA-seq 聚类分析 计算框架
2023/11/29
2023年10月3日，生物学领域重要期刊Life Science Alliance在线发表了南京农业大学人工智能学院计智伟教授课题组的题为“scFseCluster: A Feature Selection Enhanced Clustering for Single Cell RNA-seq Data”的研究论文。针对同类算法普遍存在的泛化性能差或计算开销大等局限，他们开发了一种特征选择优化的单...
2023年5月27日，华中农业大学生命科学技术学院、生物医学与健康学院精准营养与代谢团队陈振夏课题组在国际学术期刊Briefings in Bioinformatics在线发表最新研究成果，该研究基于机器学习的算法开发了可自动下载和筛选高通量测序数据的软件MassiveQC，并将其应用于黑腹果蝇的研究，通过系统整合该物种所有公开RNA-seq数据，解析基因表达动态性的调控规律和演化模式。该研究为后...
翟继先团队首次发布包含~45,000个植物公共RNA-seq文库的在线搜索平台（图）
南方科技大学生命科学学院 翟继先团队 植物 RNA-seq文库 在线搜索平台 Plant Biotechnology Journal
2022/10/20
近日，南方科技大学生命科学学院生物系植物与食品研究所副教授翟继先课题组发布了可以方便快速查询~45,000个植物公共RNA-seq文库的在线资源（PPRD, http://ipf.sustech.edu.cn/pub/plantrna/ ），相关成果以“PPRD: a comprehensive online database for expression analysis of ~45,000...
2022年11月27日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队在《BMC 基因组学（BMC Genomics）》杂志在线发表了题为“Baiting out a full length sequence from unmapped RNA-seq data”的学术论文，该研究发现了能挖掘unmapped RNA-seq数据中的有效信息，并调取其全长的新方法。
南方科技大学翟继先团队发布包含两万多拟南芥公共RNA-seq文库的生物大数据在线分析平台（图）
南方科技大学 翟继先 两万多 拟南芥 公共RNA-seq文库 生物大数据 在线分析平台
2020/9/10
近日，南方科技大学生物系副教授翟继先课题组发布可以方便快速查询超过两万个公共RNA-seq文库的在线资源，相关成果以“A comprehensive online database for exploring ~20,000 public Arabidopsis RNA-Seq libraries”为题发表在植物学领域知名学术期刊《分子植物》（Molecular Plant）。过去十年，随着测序成...
为开发与草鱼生长性状相关的基因以及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记，本研究采用转录组测序技术(RNA sequencing，RNA-Seq)对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析，共获得31 465万条高质量短读序(clean reads)，经组装得到34 147条拼接基因(unigene)，平均长度为1 060 bp，其中有...
基于RNA-seq 的香蕉枯萎病菌转录因子FoSwi6敲除突变体的转录组分析
Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4 MAPK 转录组 差异表达基因
2021/4/28
丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase,MAPK)信号通路转录因子 FoSwi6 在调控香蕉枯萎病菌4号生理小种(Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4, Foc4)的生理特性和致病性方面发挥着重要作用。为解析转录因子 FoSwi6 的转录调控机制,本研究利用RNA-seq技术对该病菌野生型菌株和突变体ΔFoS...
杜梨根茎叶特异表达基因的RNA-Seq分析
杜梨 激素 生长素响应蛋白 RNA-Seq分析
2018/11/5
利用RNA-Seq技术，对杜梨根、茎、叶中特异表达的基因进行了筛选和分析，为探讨梨属植物生长发育及组织间功能差异的分子机制提供理论依据。研究结果表明，杜梨根、茎、叶中分别获得了19 443、19 567、17 876个表达基因，分别注释得到110、110、110个GO功能分类和56、55、65条KEGG代谢途径，主要涉及能量代谢、物质代谢和运输、激素调控、信号转导等多种生物学功能；其中在根、茎、叶...
RNA-Seq分析小鼠腭发育关键时期基因的时空表达
腭发育 唇腭裂 RNA测序
2019/3/22
构建小鼠腭发育时期差异表达基因库(differentially expressed genes bank,DEGB),探究腭发育关键调控因子和调控机制。方法: 分别收集C57BL/6孕鼠妊娠13.5、14.5、15.5、16.5 d(embryonic day,Ed)胚胎腭板,RNA测序技术筛查差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),选择部分基因进行...
基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测
苹果 RNA-Seq 基因结构优化 新转录本预测
2018/12/13
苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱, 但是基因注释信息很不完善, 因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA, 构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序, 获得高质量的序列(clean reads)。将得到的结果与苹果‘金冠’参...
本文以前期获得的银叶真藓在干旱-复水过程中的转录组数据为基础, 选择了9个在干旱-复水条件下基因表达差异明显的相关耐干响应基因, 并利用荧光定量PCR技术研究其在干旱-复水、ABA诱导胁迫及盐胁迫下的表达模式。研究结果表明, RT-qPCR实验获得的9个基因在干旱-复水下的表达趋势与RNA-Seq基因表达谱中基因表达规律基本一致, 因此较好地验证了RNA-Seq数据的可靠性。在干旱-复水过程中, ...
基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因
脾 差异表达 免疫相关基因
2017/4/1
为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus，DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因，本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50 d鸭后，于接种后66、90和114 h采集鸭脾组织样本，提取总RNA，通过高通量RNA-seq技术测序，应用GO和KEGG数据库进行比对注释，并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证，结果显示：DEV接种66 h时鸭脾的差异表达基因有511个，参与免疫相...
RNA-seq转录组测序分析不同季节对槟榔江水牛精液品质的影响
RNA-seq 槟榔江水牛 差异表达基因 精液品质
2016/7/26
本研究旨在利用RNA-seq技术对不同季节槟榔江水牛全血mRNA进行分析，找出不同季节精液品质候选基因。选取5头生长状况相近的3~5岁槟榔江水牛，进行春、夏、秋、冬4个季节的精液品质（鲜精活力、精子畸形率、射精量、精子密度）检测。根据精液品质，选取差异极显著的春（BL）、夏（SBL）两个季节的水牛样品进行RNA-seq转录组测序分析。颈静脉采集全血，抽提mRNA并组内混合制样，利用RNA-seq技...
Characterizing Milk Production Related Genes in Holstein Using RNA-seq
RNA-seq Holstein Milk Production Meta-analysis Milk Yield Differentially Expressed Gene
2016/5/19
Although the chemical, physical, and nutritional properties of bovine milk have been extensively studied, only a few studies have attempted to characterize milk-synthesizing genes using RNA-seq data. ...
Poisson-PDNN: Modeling non-uniform read distribution in RNA-seq data
Poisson-PDNN Modeling non-uniform distribution in RNA-seq data
2016/1/25
RNA-Seq is a powerful new technology to comprehensively analyze the transcriptome of any given cells. An important task in RNA-Seq data analysis is quantifying the expression levels of all transcripts...