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An integrated platform and meta-learner for feature engineering machine learning analysis and modeling of DNA, RNA and protein sequence data
python 工具包 蛋白质序列
2024/5/17
一个全面和通用的基于python的工具包,集成了特征提取、聚类、归一化、选择、降维、预测器构建、最佳描述符/模型选择、集成学习和DNA、RNA和蛋白质序列结果可视化的功能。用户只需要上传自己的数据集,并从中计算出自己需要的功能,所有必要的程序和优化设置都由软件自动完成。iLearn包括DNA、RNA和蛋白质的各种描述符,支持四种特征输出格式,以便于直接使用输出或与其他计算工具通信。总的来说,iLe...
火龙果总DNA提取方法比较研究
火龙果 总DNA 微量CTAB法 改良CTAB法
2010/2/23
火龙果组织中含有多糖及其他次生代谢物质,因而难以提取高质量的DNA。本试验以火龙果嫩茎为材料,进行多种DNA提取方法比较研究,并通过琼脂糖凝胶电泳对所提取的DNA样品进行检测,结果表明,改良CTAB法和微量CTAB法均可用于火龙果DNA提取,尤其是微量CTAB法,提取的DNA纯度较为理想,能满足后续分子生物学研究的要求。
利用改良CTAB法提取木薯基因组DNA
改良CTAB 木薯 基因组DNA
2010/2/23
采用改良CTAB法提取木薯基因组DNA,该方法提取的基因组DNA琼脂糖凝胶电泳条带清晰,无拖尾现象。结果表明,DNA浓度在710.0 ng/μl~967.5 ng/μl 之间,OD260/OD280在1.73~1.92之间,该方法具有简便、快速、高效等特点,所提取的基因组DNA质量和纯度较高,适用于进一步的SSR、ISSR等分子标记分析。
为了揭示同为CCDD基因组类型的高秆野生稻和宽叶野生稻的起源和进化关系,用高秆野生稻C0t1 DNA作为探针,对其自身体细胞染色体与宽叶野生稻体细胞染色体进行荧光原位杂交并对其核型进行同源性聚类和比较分析。杂交结果显示宽叶野生稻和高秆野生稻同源性非常高,说明它们的亲缘关系十分接近,但区别也非常明显,两者的杂交信号存在显著不同。C0t1 DNA具有很强的种特异性和依赖基因组型的特异性,利用...
A Rapid DNA Mini-prep Method for Large-Scale Rice Mutant Screening
rice targeting induced local lesion in genome DNA extraction polymerase chain reaction
2009/1/7
A high throughput rice DNA mini-preparation method was developed. The method is suitable for large-scale mutant bank screening as well as large mapping populations with characteristics of maintaining...
A Simplified Rice DNA Extraction Protocol for PCR Analysis
DNA extraction rice polymerase chain reaction molecular marker simple sequence repeats
2009/1/7
A simple protocol was established for DNA extraction using etiolated rice seedlings, whereby rice DNA was directly extracted in 0.5 mol/L NaOH solution in a single eppendorf tube. Results of comparati...