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中国科学院昆明分院不同参考基因组对RAD-seq分析中SNP Calling的影响（图）
基因 分析 群体进化
2024/5/26
随着新一代测序技术兴起，基于酶切的简化基因组测序（Restriction-site associated DNA sequencing，RAD-seq）由于不受参考基因组的限制，成为快速获取生物高密度单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的主流手段，被广泛运用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化分析等研究中。尽管在RAD-seq分析中对S...
本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记，通过计算遗传统计量，比较分析两个群体的遗传差异。结果，经过两步数据质控，在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个，两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8，群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6...