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前沿丨南京农业大学人工智能学院计智伟课题组提出单细胞RNA-seq聚类新方法（图）
单细胞 RNA-seq 聚类分析 计算框架
2023/11/29
2023年10月3日，生物学领域重要期刊Life Science Alliance在线发表了南京农业大学人工智能学院计智伟教授课题组的题为“scFseCluster: A Feature Selection Enhanced Clustering for Single Cell RNA-seq Data”的研究论文。针对同类算法普遍存在的泛化性能差或计算开销大等局限，他们开发了一种特征选择优化的单...
2023年5月27日，华中农业大学生命科学技术学院、生物医学与健康学院精准营养与代谢团队陈振夏课题组在国际学术期刊Briefings in Bioinformatics在线发表最新研究成果，该研究基于机器学习的算法开发了可自动下载和筛选高通量测序数据的软件MassiveQC，并将其应用于黑腹果蝇的研究，通过系统整合该物种所有公开RNA-seq数据，解析基因表达动态性的调控规律和演化模式。该研究为后...
翟继先团队首次发布包含~45,000个植物公共RNA-seq文库的在线搜索平台（图）
南方科技大学生命科学学院 翟继先团队 植物 RNA-seq文库 在线搜索平台 Plant Biotechnology Journal
2022/10/20
近日，南方科技大学生命科学学院生物系植物与食品研究所副教授翟继先课题组发布了可以方便快速查询~45,000个植物公共RNA-seq文库的在线资源（PPRD, http://ipf.sustech.edu.cn/pub/plantrna/ ），相关成果以“PPRD: a comprehensive online database for expression analysis of ~45,000...
2022年11月27日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所动物功能基因组学创新团队在《BMC 基因组学（BMC Genomics）》杂志在线发表了题为“Baiting out a full length sequence from unmapped RNA-seq data”的学术论文，该研究发现了能挖掘unmapped RNA-seq数据中的有效信息，并调取其全长的新方法。
基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测
苹果 RNA-Seq 基因结构优化 新转录本预测
2018/12/13
苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱, 但是基因注释信息很不完善, 因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA, 构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序, 获得高质量的序列(clean reads)。将得到的结果与苹果‘金冠’参...
本文以前期获得的银叶真藓在干旱-复水过程中的转录组数据为基础, 选择了9个在干旱-复水条件下基因表达差异明显的相关耐干响应基因, 并利用荧光定量PCR技术研究其在干旱-复水、ABA诱导胁迫及盐胁迫下的表达模式。研究结果表明, RT-qPCR实验获得的9个基因在干旱-复水下的表达趋势与RNA-Seq基因表达谱中基因表达规律基本一致, 因此较好地验证了RNA-Seq数据的可靠性。在干旱-复水过程中, ...
Characterizing Milk Production Related Genes in Holstein Using RNA-seq
RNA-seq Holstein Milk Production Meta-analysis Milk Yield Differentially Expressed Gene
2016/5/19
Although the chemical, physical, and nutritional properties of bovine milk have been extensively studied, only a few studies have attempted to characterize milk-synthesizing genes using RNA-seq data. ...
The simple fool’s guide to population genomics via RNA-Seq: an introduction to high-throughput sequencing data analysis
bioinformatics de novo assembly gene expression
2015/12/11
High-throughput sequencing technologies are currently revolutionizing the field of biology and medicine, yet bioinformatic challenges in analysing very large data sets have slowed the adoption o...
RNA-seq Profiles of Immune Related Genes in the Spleen of Necrotic Enteritis-afflicted Chicken Lines
RNA-seq Chicken Necrotic Enteritis Cytokine Eimeria maxima Clostridium perfringens
2016/5/19
The study aimed to compare the necrotic enteritis (NE)-induced transcriptome differences between the spleens of Marek’s disease resistant chicken line 6.3 and susceptible line 7.2 co-infected with Eim...