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2020年12月7日，国际权威期刊Nature Methods在线发表了中科院上海营养与健康研究所（中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所）杨力研究组与中科院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组和李劲松研究组关于环形RNA研究的最新进展“Screening for functional circular RNAs using the CRISPR-Cas13 system”。外显子反向剪接形成的环形...
增强子（Enhancer）作为一段DNA调控区域，已被证明可以控制启动子的活性从而促进细胞特异性基因的表达。近年来，在增强子研究的基础上，各种组织及细胞类型中的超级增强子被陆续鉴定出来并被证实其功能的重要性。截至目前，在小鼠的胚胎干细胞中已知有8562个经典增强子（Typical enhancer，TE）以及231个超级增强子（super-enhancer，SE）。
SE在细胞命运决定以及疾病发...
长非编码RNA（long non-coding RNAs）是一类长度大于200nt的非编码RNA。大量研究表明长非编码RNA具有重要的调控功能，在植物和动物的各种生物学过程中起重要的作用。此外，lncRNA还与人类各种疾病的发生发展密切相关。因此对于lncRNA的注释、探索lncRNA的功能具有非常重要的意义。近些年来，很多研究集中于lncRNA功能的探索，但是综合全面的lncRNA的注释仍需要不...
近日，清华大学生命学院颉伟研究组通过开发高灵敏度检测蛋白和DNA在全基因组相互作用的新方法——Stacc-seq，揭示了小鼠早期胚胎中RNA聚合酶II通过“三步走”的模式参与实现基因组激活的过程。该发现不仅有助于我们进一步理解合子基因组激活（ZGA，zygotic genome activation）这一重要生物学事件的基本机制，也为早期胚胎发育相关疾病与辅助生殖相关研究提供了重要的理论基础。
2020年8月17日，《Cell Research》杂志在线发表了中国科学院生物物理研究所核酸重点实验室线粒体生物学团队的最新研究成果：“Active RNA interference in mitochondria”。这项工作阐述了线粒体RNA干扰（mitoRNAi）的发现及其在线粒体研究中的应用。近年来随着细胞生物学和分子生物学的发展，及对线粒体功能认识的逐渐深入，发现很多由线粒体功能损伤引起...
研究表明生命演化之前DNA和RNA共存
生命演化 DNA RNA 共存
2020/8/11
众所周知，有机体是通过DNA和RNA来储存和传递遗传信息。但具体是哪一种核酸创造了生命目前仍有争论，主流观点认为生命之初是属于“RNA世界”。近日，国际著名期刊Nature杂志刊登的文章表明DNA和RNA有可能共同参与生命的形成。题目是《Selective prebiotic formation of RNA pyrimidine and DNA purine nucleosides》。
果蝇模型研究发现环状RNA能延长寿命（图）
果蝇模型 环状RNA 延长寿命
2020/8/4
环状RNA在不同物种的神经元中大量存在，并随着年龄的增长而积累。然而，虽然使少数环状RNA的功能被确认，但它们在衰老过程中的作用尚未被揭示。德国马克斯·普朗克衰老生物学研究所的玛丽安·魏格尔特等研究人员，使用衰老过程中的转录组分析发现，在长寿的胰岛素突变果蝇中环状RNA的积累在减缓。研究团队还发现一种名为circSfl的特殊环状RNA，其行为与其他环状RNA有所不同。与正常果蝇相比，缺乏胰岛素的长...
TDP-43是一种重要的RNA结合蛋白，其基因突变可引起肌萎缩性侧索硬化症（ALS，俗称“渐冻人症”）。在正常细胞中，TDP-43蛋白主要弥散分布于细胞核内，但可穿梭至胞浆并与其它蛋白相互作用形成应激颗粒等各种核糖核蛋白复合物，参与RNA剪切、成熟、加工、运输、转运、翻译、降解等多个步骤的调控。在疾病状态下，TDP-43在胞浆中形成异常蛋白聚集被认为与ALS的发生发展密切相关。近期研究显示液-液相...
中国科学院生物物理研究所薛愿超课题组开发RIC-seq新技术系统解析RNA的原位高级结构及作用靶标（图）
中国科学院生物物理研究所 薛愿超 RIC-seq 新技术系统 RNA 原位 高级结构 作用靶标
2020/5/8
2020年5月6日，Nature杂志在线发表了题为“RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions”的研究论文。该工作开发了能够捕获细胞内RNA原位高级结构及分子间相互作用位点的RIC-seq新技术，解析了HeLa细胞中mRNA和非编码RNA的构象和组织规律，绘制了全基因组增强子-启动子RNA调控网络图谱，并...
2020年4月28日，中科院北京生命科学研究院的赵方庆团队在国际期刊Genome Biology发表题为CircAtlas: an integrated resource of one million highly accurate circular RNAs from 1070 vertebrate transcriptomes的研究论文。该研究基于现有的海量转录组数据，采用多维数据智能整合分析...
单细胞RNA测序（scRNA-seq）是鉴定样本中单个细胞转录组的主流方法。为了确保人们在实验过程中使用最佳方法，由西班牙国家基因组分析中心（CNAG-CRG）领导的国际研究团队对13种单细胞RNA测序方法开展了性能评估。他们于本周一将结果发表在《Nature Biotechnology》杂志上。
中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组发现长非编码RNA种属特异性加工决定其功能差异（图）
中国科学院分子细胞科学卓越创新中心 陈玲玲 长非编码RNA 种属 特异性加工 功能差异
2020/4/8
北京时间2020年4月6日夜，国际著名学术期刊Cell在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）陈玲玲研究组关于长非编码RNA的最新研究成果 “Distinct processing of lncRNAs contributes to non-conserved functions in stem cells”。该研究首次发现长非编码RNA在不同物种来源干细胞中的特...
中山大学生命科学学院张锐教授团队揭示RNA编辑核心蛋白ADAR全转录组RNA底物特征（图）
中山大学生命科学学院 张锐 教授 RNA编辑 核心蛋白 ADAR 全转录组 RNA 底物特征
2020/4/1
细胞内存在着多种功能重要的双链RNA结合蛋白，其中ADAR蛋白家族能结合到特定RNA的双链区域，并催化A碱基发生脱氨基反应生成I碱基，导致A-to-I RNA编辑。在哺乳动物细胞中，ADAR蛋白家族含有三个成员：ADAR1、ADAR2及ADAR3，它们在多器官发育、大脑功能中发挥重要的功能。最近的研究表明ADAR1介导的非编码区域RNA编辑可用于标记“自我”和“非我”RNA，在先天免疫系统中起了重...
2020年3月12日，清华大学医学院沈晓骅教授团队在《自然》（Nature）杂志上在线发表了题为 “U1 snRNP调控非编码RNA的染色质滞留”（U1 snRNP regulates chromatin retention of noncoding RNAs）的研究论文，首次报道了U1 snRNP广泛调控非编码RNA在染色质上的结合和移动的新机制。
