搜索结果: 91-105 共查到“知识库 理论生物物理学”相关记录106条 . 查询时间(5.609 秒)
压强温度耦合作用下小蛋白去折叠过程的分子动力学模拟
分子动力学 去折叠 小蛋白 温度耦合
2008/5/14
在不同温度（280~540K）和压强（1×102~8×105 kPa）的耦合作用下，对GB1（the B1 domain of protein G）进行了56次独立分子动力学模拟，模拟时间达88.8 ns。在此基础上，研究了压强和温度对GB1去折叠过程的耦合效应。结果表明，压强对温度去折叠过程有明显影响，改变了蛋白质二级结构去折叠速度和蛋白质去折叠过程发生事件的先后次序。相同温度下，GB1的α-螺...
胰岛素六聚体在水溶液中的构象柔性研究
胰岛素六聚体(Molecular dynamics simulation) 分子动力学模拟(Insulin hexamer) 构象柔性(Conformational flexibility)
2008/5/14
用分子动力学(MD)模拟方法设计了两个模拟时间为600 ps的对比计算机模拟实验，研究了R6态的胰岛素六聚体在水溶液中的构象柔性。通过对MD模拟所得到的轨迹的分析发现，包含锌离子和苯酚的胰岛素六聚体体系的构象柔性弱于不含锌离子和苯酚的胰岛素六聚体体系，对于不包含锌离子和苯酚的体系，胰岛素六聚体的构象柔性表现得较为突出，特别是在实验研究认为与胰岛素和受体结合位点有关的每个单体的B链羧端的β折叠部...
应用主方程方法研究分子马达的定向运动
分子马达(Molecular motor) 跳跃模型(Hopping model) 几率分布(Probability distribution) 转换速率(Transition rate)
2008/5/14
利用主方程的方法，研究了在一维三态周期跳跃模型下分子马达的定向运动。首先假定马达在任意两个相邻状态之间的跃迁距离(substeps)相等，对于给定的任意初始分布，得出了与时间有关的几率分布的解析表达式，包括到达稳态之前的所有的瞬态过程，由此可获得马达在各个时刻的漂移速度v、扩散系数D以及描述马达随机性质的随机参数r(randomness parameter)。同时还计算了马达到达稳态所需要的特...
用BP神经网络基于氨基酸特性预测非同源蛋白质二级结构含量
BP神经网络(BP neural network) 氨基酸组成(Amino-acid composition) 有偏自协方差函数(Biased auto-covariance function) 氨基酸特性(Amino-acid index) 二级结构α和β含量(Content of α-helix and β-strand)
2008/5/14
依据蛋白质氨基酸特性，以氨基酸组成和有偏自协方差函数为特征矢量，用BP神经网络提出了一种预测非同源蛋白质中α螺旋和β折叠二级结构含量的计算方法。采用相互独立的非同源蛋白质数据库对该方法进行了检验。用Ponnuswamy值时，对二级结构α螺旋和β折叠含量的预测结果是：自检验平均绝对误差分别为0.069和0.065，相应标准偏差分别为0.044和0.047；他检验平均绝对误差分别为0.077和0....
用离散量的方法识别蛋白质的超二级结构
离散量(Measure of diversity) 离散增量(Increment of diversity) 蛋白质超二级结构(Super-secondary structure of proteins)
2008/5/14
用离散量的方法，对2208个分辨率在2.5?魡以上的高精度的蛋白质结构中四类超二级结构进行了识别。从蛋白质一级序列出发，以氨基酸（20种氨基酸加一个空位）和其紧邻关联共同为参数，当序列模式固定长取8个氨基酸残基时，对“822”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到78.1%，jack-knife检验的平均预测精度达到76.7%；当序列模式固定长取10个氨基酸残基时，对“1041”序列模式3交叉检...
用离散量预测蛋白质的结构型
结构型(Structural class) 框架结构(Framework structure) 二级结构序列(Secondary structure sequence) 离散量(Measure of diversity) 离散增量(Increment of diversity)
2008/5/14
基于蛋白质的结构类型决定于它的二级结构序列的概念,用二级结构序列参数Nα,Nβ,Nβαβ,N(βαβ)构成离散源,并计算离散量D(Xα),D(Xβ),D(Xα/β),D(Xα+β),利用离散增量预测蛋白质的结构类型,它是由这个蛋白质的离散量D(Xn)与四个标准离散D(Xα),D(Xβ),D(Xαβ),D(Xα+β)之间离散增量的最小值所决定的。预测结果表明,准确率分别达到84.8%(标准集)和83...
用支持向量机识别 B-发夹模体
超二级结构(Super secondary structure) β-发卡模体(β-hairpin motif) 离散增量(Increment of diversity) 支持向量机(Support vector machine)
2008/5/14
基于蛋白质序列，提出了一种新的超二级结构模体β-发夹的预测方法。利用离散增量构成的向量来表示序列信息，并将6个离散增量输入支持向量机，在六维向量空间中寻找最优超平面，将β-发夹和非β-发夹进行分类。计算结果表明，利用所设计的算法预测β-发夹，有较高的预测能力。对于训练集，5-交叉检验的预测总精度为81.24%，相关系数为0.57，β-发夹敏感性为83.06%；对于独立的检验集，预测总精度为78.3...
鱼肝铁蛋白铁核表层接受电子能力的研究
鱼肝铁蛋白(Liver of Dasyatis akajei) 直接电化学(Direct electrochemistry) 释放铁(Iron release) 铁核结构(Structure of iron core) 释放铁动力学(Kinetics of iron release)
2008/5/14
采用直接电化学技术研究鱼肝铁蛋白(Liver Ferritin of Dasyatis akajei, DALF)铁核表层接受还原电子的快慢速率和释放铁的动力学级数及规律。实验结果表明,在有氧环境下,DALF铁核表层以两相行为的方式快速地从铂金电极上获得还原电子且用于释放铁反应,其释放铁的还原电位分别为-125mV和-375 mV(vs.NHE,下同)。在控制还原电位为-200mV和-500mV...
与实验条件相关的基因功能模块聚类分析方法
聚类分析 模块 基因功能
2008/5/14
针对细胞内基因功能模块化的现象，定义了“基因功能模块”和“特征功能模块”两个概念，并基于这两个概念提出一种“与实验条件相关的基因功能模块聚类算法”。该算法综合利用基因功能知识与基因表达谱信息，将基因聚类为与实验条件相关的基因功能模块。向基因表达谱中加入水平逐渐升高的数据噪音，根据基因功能模块对数据噪音的抵抗力，确定最稳定的基因功能模块，即特征功能模块。加噪音实验显示，在基因芯片技术可能发生的噪...
甾体激素受体功能特异性的结构基础
甾体激素受体(Steroid receptor) 配体结合域(Ligand-binding domain) 加权进化踪迹分析(Weighted evolutionary tracing) 踪迹残基(Specific residue)
2008/5/14
甾体激素受体家族包括雌激素受体、雄激素受体等五个亚家族,在机体组织细胞的生长分化、发育生殖、内环境稳定等几乎所有生理过程中都起着重要的作用。研究甾体激素受体亚家族的特异性可以加深对该家族功能的理解,并且具有潜在的临床应用价值。采用进化踪迹方法对该家族的配体结合域(LBD)进行分析,探讨了决定亚家族功能特异性的结构基础。结果表明,甾体激素受体的各亚家族可能同相应的内源性配体存在着共进化关系;配体结合...
考虑碱基对之间的非紧邻相互作用、涨落的序列依赖效应和非对称涨落,提出了DNA构象的统计力学模型,给出了DNA柔性的新定义。作为模型的应用,对12种三核苷酸重复序列的动力学柔性作了预测。理论预测与其它方法得到的结论比较,有很好的一致性。对模型和结论的理论意义作了讨论。A STATISTICAL-MECHANICAL MODEL OF DNA FLEXIBILITYA statistical-mech...
基因选择性剪接的生物信息学研究概况
选择性剪接 生物信息学 基因组
2008/2/1
摘要基因选择性剪接现象是真核生物基本而又重要的调控机制。由于基因的选择性剪接在形成生物复杂性和多样性上具有极其重要的作用，同时选择性剪接与许多人类疾病也密切相关。因此，研究基因选择性剪接是一项十分重要的工作。生物信息学作为一门新兴的学科在研究基因选择性剪接上起关键的作用，尤其在研究基因表达调控机制、选择性剪接基因预测以及选择性剪接基因进化上。本文综述了这方面的最新研究进展，为更深入了解真核生物基因...
摘要通过隐马尔柯夫模型(Hidden Markov model，HMM)，对粳稻(Oryza sativa L.ssp. japonica)基因组的蛋白质数据库进行搜索，结果获得 8 个 14-3-3 蛋白的同源序列，其中发现 4 个新基因。通过对所有粳稻的 14-3-3 蛋白的DNA序列与各种表达序列标签(Expression Sequence Tags，ESTs) 进一步比对，为 14-3-3...
鸡催乳素基因序列多态及生物信息学分析Polymorphisms and Bioinformatics Analysis of Chicken Prolactin Gene
鸡催乳素（cPRL）基因 单核苷酸多态性（SNPs） 片段插入/缺失多态 生物信息学
2008/1/10
摘要
选择繁殖性能具有明显差异的4个鸡品种（莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡）构建品种DNA池，采用测序的方法快速筛查鸡催乳素基因（chicken prolactin，cPRL）5′侧翼调控区、外显子区和部分内含子区约4500 bp范围内可能与产蛋性能相关的序列多态，共检测到13个SNPs和两个短片段（24 bp和15 bp）插入/缺失多态，其中在5′侧翼序列筛查到9个SNPs及两个短片...
从新生儿脐血和成人骨髓中分选出造血干/祖细胞(HSC/HPC),构建成cDNA文库,对其进行大规模表达序列标签(EST)测序,通过生物信息学等手段分析基因表达谱,并进行新基因的全长cDNA克隆。在所测的10512条可分析E ST序列中,有9866条来自脐血CD34+|细胞,其中4697条(47.6%)为已知基因,2603条(26.4%)为已知EST,1415条(14.3%)代表未知EST。在已知基...