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云南中医药大学马克思主义学院是学校独立设置的二级教学科研机构，其前身是1962年建立的马列主义教研组，后更名为马列主义教研室、马列主义教研部、社会科学部，2003年组建为社科及公共课程部，2011年更名为思想政治理论课教学研究部，2017年4月27日成立马克思主义学院。
医学人文教研室成立于2020年，先前归属于道德与法律教研室，主要承担《医学伦理学》、《卫生法学》等医学人文课程的教学与研究工作，是对学生进行医学人文素质教育和医学职业道德教育的基层教学科研机构。
道德与法律教研室成立于2012年，其前身为德育教研室。2006年改名为“思想道德修养与法律基础教研室”，2012年适应学校机构改革，调整为“道德与法律教研室”，主要承担思想道德修养与法律基础、医学伦理学、卫生法课程建设及教育教学。
中国化马克思主义教研室原为思政部邓小平理论和“三个代表”重要思想概论教研室。2006年10月更名为毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论教研室，2011年11月，进一步更名为中国化马克思主义教研室，2020年更名为马克思主义中国化教研室。
马克思主义基本原理教研室原为马列主义教研室，2006年10月更名为马克思主义基本原理教研室。现有专、兼职教师8人，其中副教授4人，讲师3人，助教1人；具有博士学位者3人，硕士学位5人。
梅君，女，中共党员，硕士，副教授，形势与政策教研室主任，主要从事《形势与政策》《思想道德修养与法律基础》《马克思主义基本原理概论》《卫生法》课程教学。
高碧青，女，硕士，副教授，道德与法律教研室教师，主要从事《思想道德与法治》《医学伦理学》《卫生法》课程教学。
马芸，女，中共党员，硕士，副教授，道德与法律教研室教师，主要从事《思想道德与法治》《医学伦理学》课程教学。
单琼花，女，中共党员，硕士，教授，道德与法律教研室教师，主要从事《思想道德与法治》《中国近现代史纲要》《医学伦理学》和《形势与政策》教学。
廖志军，男，中共党员，博士，副教授，道德与法律教研室教师，主要从事《思想道德与法治》《医学伦理学》课程教学。
辛焕焕，女，中共党员，硕士，副教授，道德与法律教研室教师主任，主要从事《思想道德与法治》《医学伦理学》《职业发展与就业指导》课程教学。
耿立春，女，中共党员，博士，副教授，习近平新时代中国特色社会主义思想概论教研室主任，主要从事《习近平新时代中国特色社会主义思想概论》《形势与政策》课程教学。
付明银，男，中共党员，博士，副教授，马克思主义中国化教研室教师，主要从事《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》课程教学。
徐芙蓉，女，中共党员，硕士，副教授，马克思主义中国化教研室教师，主要从事《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》课程教学。
张丽，女，中共党员，硕士，教授，马克思主义中国化教研室教师。