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本发明属于植物分子生物学技术领域，具体公开了一种与陆地棉生态适应性关联的SNP分子标记及其应用，本发明与陆地棉生态适应性相关的SNP标记共45个，这些SNP标记具有SEQ IDNO.1-45所示的DNA序列，这些SNP分子标记单独或任两个或多个组合应用均可用于陆地棉生态适应性的早期预测，还可用于棉花遗传背景分析和筛选，以及生态适应性位点分子标记辅助选择育种，具有广阔的应用前景。