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华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在改进细菌16S rRNA基因高通量测序方法研究上有新进展（图）
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 细菌 16S rRNA 基因高通量测序 微生物组
2020/6/5
近日，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室谢卡斌课题组在Microbiome发表了题为“Engineering CRISPR/Cas9 to mitigate abundant host contamination for 16S rRNA gene-based amplicon sequencing”的研究论文，论文报道了一种改进的细菌16S rRNA基因高通量测序方法。
为了探讨我国绵羊痒螨兔亚种的遗传变异特征和种群结构，利用PCR技术对我国5个地理区域（华北、华东、华中、西南、西北）的83个绵羊痒螨兔亚种株的线粒体16S rRNA全序列进行扩增和遗传多样性分析。结果显示，83个样品的16S rRNA全序列长度均为1 025 bp，共存在83个变异位点和52个单倍型；样品所代表的5个地理区域种群间的Fst值为-0.037 59~0.587 63，基因流值为-6.9...
法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点，是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展，对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域，以16S rRNA基因测序为代表的法医微生物研究成果也逐步应用于法医学实践中的生物检材鉴定、个体识别、死亡时间推断、地域推断等方面，为案件的侦查提供线索，为传统方法作为补充和辅助。本文阐述...
【目的】探明灰飞虱Laodelphax striatellus体内细菌的群落结构和种类多样性。【方法】采用Illumina MiSeq测序平台对新羽化24 h的灰飞虱雌雄成虫体内细菌16S rRNA的V3-V4 变异区序列进行高通量测序，应用USEARCH 和Silva等软件和数据库来统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU) 数量，分析灰飞虱...
以羊圈空气微生物为研究对象，了解羊圈空气中细菌群落结构以及致病菌属特征。将来自10个不同羊场的羊圈空气样本，应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定羊圈空气中细菌的16S rRNAV3-V4变异区序列，分析不同空气样本细菌群落组成。结果显示：空气样本中的细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为33 408，涵盖了25门、66纲、123目、253科、547属、444种的细菌。通过微生物多...
基于PCR-DGGE和拟杆菌(Bacteroides)16S rRNA的岩溶地下水粪便污染来源示踪研究:以重庆南山老龙洞地下河系统为例
岩溶地下水 粪便污染 大肠菌群 拟杆菌 PCR-DGGE
2016/12/7
岩溶地下水的微生物污染日益严重,其来源的研究得到国际学术界的广泛关注.本研究以重庆南山老龙洞岩溶地下河系统为对象,采用滤膜法监测地下水中的总细菌、大肠杆菌、粪大肠菌及粪链球菌等微生物指标,以拟杆菌(Bacteriodes)为指示细菌,采用PCR-DGGE示踪地下水中大肠杆菌／粪大肠杆菌的来源.结果表明,老龙洞地下河流域各类细菌含量严重超标,总细菌数为10~2.9×107CFU·mL-1,大肠菌群总...
Comparison of Fecal Microbiota of Mongolian and Thoroughbred Horses by High-throughput Sequencing of the V4 Region of the 16S rRNA Gene
Fecal Microbiota 16S rRNA Gene High-throughput Sequencing Mongolian Horses
2016/11/10
The hindgut of horses is an anaerobic fermentative chamber for a complex and dynamic microbial population, which plays a critical role in health and energy requirements. Research on the gut microbiota...
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis，黑龙江河蓝蛤Potamocorbula amurensis，焦河蓝蛤Potamocorbula ustulata，红肉河蓝蛤Potamocorbularub romuscula 4个野生种共40个个体的线粒体COI 和16S rRNA基因片段进行了扩增和测序，经过筛选和剪切，得到长度为650 bp和450 bp的片段。序列分析显示，序列的碱基组...
Characterization of the Fecal Microbial Communities of Duroc Pigs Using 16S rRNA Gene Pyrosequencing
Duroc Pigs Fecal Microbiota 16S rRNA Gene Pyrosequencing
2016/5/18
This study characterized the fecal bacterial community structure and inter-individual variation in 30-week-old Duroc pigs, which are known for their excellent meat quality. Pyrosequencing of the V1–V3...
Rapid Origin Determination of the Northern Mauxia Shrimp (Acetes chinensis) Based on Allele Specific Polymerase Chain Reaction of Partial Mitochondrial 16S rRNA Gene
Allele-specific Polymerase Chain Reaction Origin Identification
2016/5/18
Acetes chinensis is an economically important shrimp that belongs to the Sergestidae family; following fermentation, A. chinensis′ economic value, however, is low in China, and much of the catch in Ch...
肺炎克雷伯菌16S rRNA甲基化酶耐药基因研究
16S rRNA甲基化酶 聚合酶链反应 抗药性 微生物
2014/9/11
了解肺炎克雷伯菌对氨基糖苷类抗生素的敏感性及16S rRNA甲基化酶检出情况。方法收集中南大学湘雅医院2009年1—7月非重复肺炎克雷伯菌96株，采用琼脂稀释法对庆大霉素、阿米卡星、妥布霉素的最低抑菌浓度（MIC）进行检测；聚合酶链反应（PCR）扩增16S rRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD和npmA。结果肺炎克雷伯菌对阿米卡星、庆大霉素及妥布霉素的MIC50分别...
近期，中科院武汉病毒研究所周宁一研究员课题组在基因组内16S rRNA基因的差异性而导致的原核生物多样性高估研究方面取得重要进展。相关结果发表在10月的微生物学刊物Applied and Environmental Microbiology上，并被本期杂志选为亮点文章（Spotlight: Articles of Significant Interest Selected from This Is...
对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellus attenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析,并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段,计算种间遗...
16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌
16SrRNA 病原细菌 基因序列分析
2013/11/11
运用16S rRNA 基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法: 提取细菌DNA,采用通用引物PCR扩增16S rRNA 基因片段并测序。将测序结果用Blastn 在线软件在Nucleotide 数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果: 12种细菌可以鉴定到“种”,2种细菌可以鉴定到“属”。 结论: 16S rRNA 基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定...
Hydrogen bonds are related to the thermal stability of 16S rRNA
Optimal Growth Temperature 16S Ribosomal RNA G + C Content Hydrogen Bonds Base Pairs Nucleotide Compositions
2013/1/28
The number of base pairs in the 16S rRNA secondary structures of 51 bacterial sequences was counted, and the number of hydrogen bonds was estimated. The number of hydrogen bonds was highly correlated ...