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华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在改进细菌16S rRNA基因高通量测序方法研究上有新进展（图）
华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 细菌 16S rRNA 基因高通量测序 微生物组
2020/6/5
近日，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室谢卡斌课题组在Microbiome发表了题为“Engineering CRISPR/Cas9 to mitigate abundant host contamination for 16S rRNA gene-based amplicon sequencing”的研究论文，论文报道了一种改进的细菌16S rRNA基因高通量测序方法。
16S核糖体DNA高通量测序研究种植体龈沟液微生物的变化
高通量测序 种植体周围炎 微生物多样性
2020/7/1
应用16S核糖体DNA（rDNA）高通量测序技术研究健康天然牙、健康种植体以及种植体周围炎的植体龈沟液内微生物菌群的差异,为理解种植体周围组织从健康至疾病状态的病因提供依据。方法 通过Illumina HiSeq 2500测序技术,分析30个龈沟液细菌的菌群结构及多样性。
经过杀菌的发酵肠，仍有部分会变质，为探究其原因并进行控制而进行了以下试验。从商业发酵肠中分离获得1株耐热芽孢菌株B1，为构建控制技术，提高发酵肠安全水平，对该芽孢菌进行鉴定，并研究抗菌肽surfactin对其芽孢生长曲线的影响及盐类对surfactin灭活芽孢效果的影响。采用16S rDNA序列分析对该菌进行鉴定，并研究了不同浓度的NaCl和Na2HPO4?12H2O对surfactin灭活芽孢效...
为了探讨我国绵羊痒螨兔亚种的遗传变异特征和种群结构，利用PCR技术对我国5个地理区域（华北、华东、华中、西南、西北）的83个绵羊痒螨兔亚种株的线粒体16S rRNA全序列进行扩增和遗传多样性分析。结果显示，83个样品的16S rRNA全序列长度均为1 025 bp，共存在83个变异位点和52个单倍型；样品所代表的5个地理区域种群间的Fst值为-0.037 59~0.587 63，基因流值为-6.9...
法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点，是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展，对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域，以16S rRNA基因测序为代表的法医微生物研究成果也逐步应用于法医学实践中的生物检材鉴定、个体识别、死亡时间推断、地域推断等方面，为案件的侦查提供线索，为传统方法作为补充和辅助。本文阐述...
【目的】探明灰飞虱Laodelphax striatellus体内细菌的群落结构和种类多样性。【方法】采用Illumina MiSeq测序平台对新羽化24 h的灰飞虱雌雄成虫体内细菌16S rRNA的V3-V4 变异区序列进行高通量测序，应用USEARCH 和Silva等软件和数据库来统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU) 数量，分析灰飞虱...
基于16S rDNA序列的小贯小绿叶蝉共生细菌多样性研究
小贯小绿叶蝉 细菌 16S rDNA 多样性
2018/6/26
利用Illumina HiSeq技术, 对赤壁、大悟、武汉、咸安和英山5个茶园小贯小绿叶蝉地理种群的成虫共生细菌16S rDNA-V4变异区进行测序, 应用Uparse和RDP Classifier等软件统计和分析样本的物种组成、丰度和多样性。5个地区小贯小绿叶蝉成虫的16S rDNA基因序列文库共获得239 645条有效tags, 在97%相似阈值下将其聚类为3 403个OTUs。共注释到41个...
Pathogen Causing Phalaenopsis Soft Rot Disease – 16S rDNA and Virulence Characterisation
Erwinia/Dickeya chrysanthemi moth orchids detached leaf inoculation assay
2018/3/5
The pathogen causing Phalaenopsis soft rot disease and developed detached leaf inoculation methods were identified.
Based on its 16S rDNA sequences, the pathogen causing soft rot disease in Phalaenop...
以羊圈空气微生物为研究对象，了解羊圈空气中细菌群落结构以及致病菌属特征。将来自10个不同羊场的羊圈空气样本，应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定羊圈空气中细菌的16S rRNAV3-V4变异区序列，分析不同空气样本细菌群落组成。结果显示：空气样本中的细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为33 408，涵盖了25门、66纲、123目、253科、547属、444种的细菌。通过微生物多...
黄蒿丛枝病植原体的鉴定及其16S rDNA序列分析
黄蒿丛枝病 葡萄黄化植原体 分子鉴定 16S rDNA序列分析
2018/12/29
黄蒿为菊科蒿属一、二年生草本植物, 在医学和植物病害生物防治方面具有重要价值。植原体是一类重要的病原物, 常引起丛枝、小叶、黄化、簇生等症状。从山东泰山山涧采集到表现丛枝症状的感病黄蒿植株, 以叶片总DNA为模板, 利用植原体通用引物对R16F2n/R2进行PCR扩增, 获得了大小为1 244 bp的片段, 与葡萄黄化(Stolbur)植原体(AF248959)和纸花黄化植原体(JX128698)...
基于PCR-DGGE和拟杆菌(Bacteroides)16S rRNA的岩溶地下水粪便污染来源示踪研究:以重庆南山老龙洞地下河系统为例
岩溶地下水 粪便污染 大肠菌群 拟杆菌 PCR-DGGE
2016/12/7
岩溶地下水的微生物污染日益严重,其来源的研究得到国际学术界的广泛关注.本研究以重庆南山老龙洞岩溶地下河系统为对象,采用滤膜法监测地下水中的总细菌、大肠杆菌、粪大肠菌及粪链球菌等微生物指标,以拟杆菌(Bacteriodes)为指示细菌,采用PCR-DGGE示踪地下水中大肠杆菌／粪大肠杆菌的来源.结果表明,老龙洞地下河流域各类细菌含量严重超标,总细菌数为10~2.9×107CFU·mL-1,大肠菌群总...
Molecular Evolution of a Portion of the Mitochondrial 16S Ribosomal Gene Region in Scleractinian Corals
Gene Region Scleractinian Corals
2015/12/17
Relationships among families and suborders
of scleractinian corals are poorly understood because of
difficulties 1) in making inferences about the evolution
of the morphological characters used in ...
黄瓜根际土壤细菌群落的16S rDNAPCR-DGGE分析
根际微生物 PCR-DGGE 枯萎病菌 细菌群落
2018/4/27
采用PCR-DGGE 技术分析了接种枯萎病菌后黄瓜根际土壤细菌群落的动态变化。对黄瓜种植前、接菌前、接菌后发病、接菌后未发病以及接种清水（对照）共5 份土壤样品直接提取其总 DNA，用F338-GC/R518 引物扩增16S rDNA 基因的V3 可变区，结合 DGGE 电泳条带分析样品的细菌群落组成及变化趋势。结果显示，接种枯萎病菌后，会引起黄瓜根际土壤中细菌数量及种类发生较大的变化，其中，接种...
Comparison of Fecal Microbiota of Mongolian and Thoroughbred Horses by High-throughput Sequencing of the V4 Region of the 16S rRNA Gene
Fecal Microbiota 16S rRNA Gene High-throughput Sequencing Mongolian Horses
2016/11/10
The hindgut of horses is an anaerobic fermentative chamber for a complex and dynamic microbial population, which plays a critical role in health and energy requirements. Research on the gut microbiota...